Rodrigo Maldonado: RNAs no codificantes y epigenética al sur de Chile

Rodrigo Maldonado: RNAs no codificantes y epigenética al sur de Chile

Por Eduardo Kessi C.

Rodrigo Alejandro Maldonado Águila es Bioquímico de la Universidad Austral de Chile. Obtuvo su título profesional el año 2008 y luego ingresó a un programa binacional de doctorado que le permitió obtener el grado de Doctor en Ciencias con mención en Biología Celular y Molecular en la Universidad Austral de Chile, y el de Doctor Rerum Naturalium en la Universität Regensburg, Alemania. Posteriormente efectuó dos postdoctorados, el primero en el laboratorio del Prof. Dr. Gernot Längst en la Universität Regensburg, y el segundo en la misma casa de estudios bajo la co-tutela de la Dra. Ingrid Grummt del German Cancer Research Center (DKFZ) en Heidelberg, Alemania.

Su interés por la actividad científica comienza a principios de la década del 2000. Dos sucesos marcaron profundamente lo que sería el desarrollo académico de Rodrigo. En sus palabras “durante el curso de la carrera de bioquímica como estudiantes de pregrado, tuvimos la suerte de ver la explosión del PCR tiempo real (en Chile, ya que en el resto de mundo ocurrió unos años antes) y como ahora era posible cuantificar transcritos o cualquier secuencia de DNA. Además de esto, fuimos testigos de los primeros pasos de la secuenciación del genoma humano. Ambos hechos, que expandieron tremendamente el ámbito de la biología molecular, sin lugar a duda ampliaron nuestros horizontes como estudiantes de carreras científicas buscando un camino. Luego, durante el curso los estudios de posgrado, aprendimos que lo que los investigadores llamaron “DNA basura” (junk DNA) se expresaba en una familia de distintos tipos de RNAs no-codificantes que, con el paso de los años, resultaron ser uno de los principales factores con actividad regulatoria a nivel de expresión génica. Todos estos hechos históricos y científicamente asombrosos -en conjunto con la experiencia personal- me hicieron decidir por la carrera académico-científica”.

 Las personas que influyen en tu formación, tanto en lo profesional como en lo personal son muy importantes, indica Rodrigo. “Pasamos mucho tiempo, tanto en el pregrado como en el postgrado, en el laboratorio compartiendo ambos aspectos”. Cuando se le pide indicar quiénes han influido en su vida como científico y como persona relata que “mi experiencia ha estado marcada por 3 hitos que de cierta forma han moldeado lo que hago hoy. El primero de ellos tiene que ver con la Dra. Ilona Concha de la Universidad Austral de Chile, quien fue mi tutora durante el pregrado y posgrado. Ella cumplió un papel esencial en enseñarnos a sobrellevar lo que en ese momento veíamos como fracasos, y que hoy día son los experimentos que simplemente no funcionan y son parte de nuestro aprendizaje. El segundo tiene que ver con el Dr. Raúl Méndez del IRB Barcelona, en donde a pesar de realizar solo una pasantía de 4 meses, pude re-enamorarme con la parte científica y dar los primeros pasos en el mundo de los RNAs; esa experiencia me abrió un horizonte que decidí explotar posteriormente. Finalmente, el compartir con el Dr. Gernot Längst fue clave en la decisión de dedicarme al trabajo en epigenetica y RNAs no-codificantes. Durante esa etapa pude crecer profesionalmente y adquirí herramientas personales/profesionales, que utilizo hasta el día de hoy en el laboratorio”.

Actualmente, el Dr. Maldonado desarrolla su trabajo en el Laboratorio de Epigenética y RNAs, del Instituto de Anatomía, Histología y Patología, de la Facultad de Medicina en la Universidad Austral de Chile donde es Profesor Auxiliar). Su área de investigación es la epigenética en la que sus esfuerzos se dirigen a tratar de comprender como los RNAs no-codificantes son capaces de regular la expresión génica a través de la interacción directa o indirecta con la cromatina. Con entusiasmo cuenta que “por una parte estamos analizando la actividad de ciertos RNAs largos no-codificantes (lncRNAs), que al modificar la accesibilidad de cromatina de un posible elemento regulador son capaces de modular la expresión de un gen asociado al desarrollo de distintos tipos de cáncer. Por otra parte, estamos analizando el rol que podrían tener los micro RNAs (miRNAs) en el núcleo de células de cáncer de páncreas y cómo podrían estar interactuando con cromatina transcripcionalmente activa”.

En el activo y muy importante campo de investigación que es objeto de su preocupación, Rodrigo señala que “la principal contribución que hemos realizado es el diseño de una técnica que permite determinar la formación de estructuras de triple hélice (RNA de hebra simple interactuando físicamente con DNA de doble hebra) con la cromatina en un contexto celular. Estas estructuras se forman siguiendo una determinada complementariedad de bases, o apareamiento tipo Hoogsteen, que no sigue las mismas reglas que las interacciones Watson-Crick. Lo interesante de ellas es que, en nuestro genoma y en el de otras especies, las secuencias formadoras de triple hélice se concentran en elementos reguladores, principalmente promotores. De esta forma, la interacción de RNAs con la cromatina a través de las triple hélices está directamente relacionada con la regulación de la expresión génica. El trabajo mencionado anteriormente fue publicado el año 2019 y fue la primera vez que se pudo determinar directamente la formación de estas estructuras no-canónicas asociadas al DNA. Esto abrió las puertas a diversas preguntas, principalmente asociadas a cómo cambia el patrón de formación de las triple hélices en distintas enfermedades o en ausencia de factores claves asociados a enfermedades”.

Respecto de las razones que lo llevaron a convertirse en socio de la Sociedad de Bioquímica y Biología Molecular de Chile Rodrigo menciona que “mi principal motivación fue la generación de redes de contacto científico y el conocimiento de lo que se está haciendo en el país no solo específicamente en mi área, si no que en otras relacionadas”. Agrega que a su juicio “en el contexto nacional, la SBBM Chile corresponde a la principal instancia para que los que estudiamos la epigenética nos reunamos. La SBBM organiza una de las reuniones más importantes de la región en esta área, donde existe la oportunidad real de poder interactuar con otros investigadores. Además, el hecho de haber estado cerca de 6 años fuera del país, de cierta forma me alejó del quehacer científico nacional, lo que sin duda ha sido posible recuperar a través de la SBBM Chile. Por ende, me ha servido como punto de encuentro con otros colegas que tienen intereses comunes”.

Finalmente, cuando se le pregunta por su opinión respecto del presente de la actividad científica en Chile, Rodrigo comenta que “regresé a Chile un mes antes del estallido social y previo a la pandemia; todos nuestros planes tuvieron que modificarse y en muchos casos suspenderse por más de un año”. Sin embargo, no se amilana antes las dificultades señalando lo siguiente “creo que no podemos perder la capacidad de ser positivos. Mirando el detalle de cada laboratorio, de otros colegas o amigos que trabajan en el área, el presente se ve un poco nublado por las postergaciones, falta de personal, demora en la entrega de materiales etc. Pero al ver como hemos reaccionado, enfocándonos en el mundo de la ciencia, al gran problema que nos presentó la pandemia, veo un país que se demoró muy poco tiempo en levantar una red de detección viral por PCR en tiempo real de una magnitud que no existe en todas partes, de hecho, cercana a la de países desarrollados. Junto a eso, existe una red de investigadores y el ISP (Instituto de Salud Pública) que hacen “vigilancia genómica” del virus, lo que me parece increíble y debería ser mucho más expuesto a la comunidad con el fin de que como sociedad se entienda la importancia del quehacer científico. En definitiva, creo que nuestra actividad, a pesar de los contratiempos impuestos por la pandemia, ha demostrado ser uno de los pilares fundamentales para encontrar “soluciones” durante la pandemia. Esto, sin duda alguna, debiera servir como una vía de presión intrínseca para que el estado invierta realmente en ciencia”.